Mit der Inventarisierung des Stiftes St. Mang in Stadtamhof wurde im November 1802 Rechnungskommissar Schweizer beauftragt. Im März 1803 begann Johann Michael Valentin von Prandl, Hofkammerrat und Mautner in Stadtamhof, mit der Aufhebung; er verstarb jedoch noch im Dezember desselben Jahres. Aufgrund der vorhergehenden Erkrankung Prandls war offensichtlich ein erheblicher Teil der Kommissionsaufgaben, insbesondere die Versteigerungen der Immobilien, vom Stiftsadministrator Josef Bossi durchgeführt worden. Wegen dabei angeblich aufgetretener "Unregelmäßigkeiten" wurde gegen diesen eine Untersuchung vor dem Hofgericht Straubing begonnen, deren Ausgang allerdings nicht bekannt ist. Bossi war später als Advokat in Stadtamhof tätig. Im Januar 1804 übernahm der Landrichter von Kelheim, Peter Joseph von Welz, die Kommissionsakten und sandte diese nach München ein. Die endgültige Beendigung der Kommission (wohl nach erneuter Rücksendung der Akten) wurde im Februar 1804 dem Landrichter in Stadtamhof, Carl Freiherr von Godin, übertragen. Die Überlieferung besteht in von den jeweiligen Lokalkommissaren formierten chronologischen Serienakten, die wohl ziemlich vollständig erhalten sind. Darüberhinaus wurde vom Klosteradministrator Bossi eine gemeinsame Rechnung für Administration und Lokalkommission eingesendet. Für die Akten des Klosterseparats (1802-1805) liegt zwar kein Aktenverzeichnis vor, doch scheinen sie relativ vollständig zu sein. Die im April 1813 an die Finanzdirektion des Regenkreises abgegebenen Akten (vgl. Kurbayern Landesdirektion von Bayern in Klostersachen 8275) der Spezialklosterkommission (1808-1814) konnten hingegen nur zum Teil ermittelt werden.