Die zum Erzstift Salzburg gehörige Enklave Mühldorf wurde 1802/1803 bayerisch, während Salzburg selbst zunächst als Fürstentum Salzburg an den Großherzog Ferdinand III. von Toskana fiel und erst 1809/1810 bis 1816 vorübergehend zu Bayern gehörte. Die Besitznahme Mühldorfs und der dortigen Klöster führte das zu diesem Zweck errichtete Generalkommissariat Freising und Mühldorf durch, die des Fürstentums Salzburg die Hofkommission Salzburg. In beiden Fällen waren Spezialkommission in Klostersachen, Klosterseparat und Spezialklosterkommission also nicht zuständig, weshalb der vorliegende Bestand nur einige wenige Akten(fragmente) enthält.

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Bayerisches Hauptstaatsarchiv