Bereits 10 Jahre nach Gründung der Johannes Gutenberg-Universität Mainz wurde 1956 ein Universitätsarchiv gegründet und erste Akten der jungen Universität übernommen. Doch es sollte bis 1981 dauern, bis erstmals ein hauptamtlicher Archivar eingestellt und das Archiv für die breite Öffentlichkeit nutzbar wurde. Seit 2012 ist das Universitätsarchiv eine Abteilung der Universitätsbibliothek.

Heute umfasst das Universitätsarchiv rund 1.200 laufende Meter Akten der Universitätsleitung, der zentralen Verwaltung, der Fachbereiche und Institute sowie der studentischen Organisationen der Universität. Zu den Beständen gehören darüber hinaus rund 45 Nachlässe Mainzer Professorinnen und Professoren, darunter der Nachlass des Historikers Leo Just, des Musikwissenschaftlers Arnold Schmitz und des Botanikers Wilhelm Troll. Ergänzt wird die Überlieferung durch verschiedene universitätsgeschichtliche Sammlungen, darunter eine Flugblattsammlung, eine Plakatsammlung sowie eine Fotosammlung mit rund 10.000 Bildern.